सन १९४६ च्या उत्तरार्धात महाराजांनी, समाधीस्त होण्याचा मनोदय आपल्या भक्तांजवळ व्यक्त केला. ते म्हणाले शके १८६९, वैशाख शुद्ध अष्टमीला जीवनमुक्तांना समाधी घेण्यासाठी अत्यंत शुभयोग आला आहे. त्या दिवशी आम्ही समाधी घेणार आहोत. महाराज आपल्या निवडक भक्तांसमवेत पद्मावती जवळील मालपाणींच्या शेतात गेले व तेथील एक जागा समाधी करिता सुनिश्चित केली. त्याच प्रमाणे अन्त्ययात्रेचा मार्ग हि आखून दिला. शेवटच्या काही महिन्यात महाराजांनी आपल्या प्रिय शिष्यांच्या भेटी घेऊन आपले अवतार कार्य संपविण्याविषयी अवगत केले. शके १८६९ चा चैत्र मास संपून वैशाख मास प्रारंभ झाला. शेवटच्या आठवड्यात महाराजांनी मौन व्रत स्वीकारलं. फक्त कामापुरतच बोलत. ह्याच दिवसात श्री मामा ढेकणे यांच्या घरी महाराजांनी स्वहस्ते खिचडी बनवून आपल्या भक्तांस शेवटचा प्रसाद दिला. वैशाख शुद्ध सप्तमीस महाराज शुचिर्भूत होऊन, स्वामी समर्थांना नमन करून, श्री मामा ढेकणे यांच्या घरातील फडताळात जाऊन आसनस्थ झाले. दुसऱ्या दिवशी पहाटे म्हणजेच शके १८६९, वैशाख शुद्ध अष्टमीस, सोमवार, दि. २४ एप्रिल, १९४७ फडताळातून अवतार समाप्तीचा संदेश आला. “पुढील सोय करा. ह्या पार्थिवास सांभाळा… हि ज्ञानदेवीची ज्योत अनंतात विलीन होत आहे.”

त्याच दिवशी श्री मामा ढेकणे यांच्या घरापासून टाळमृदुंगाच्या गजरात, भजन म्हणत, खांद्यावर पताका घेऊन महायात्रा निघाली. महाराजांनी आखून दिलेल्या मर्गाने महायात्रा समाधी स्थळी पोहोचली. सायंकाळच्या सुमारास टाळमृदुंगाच्या गजरात, “अनंत कोटी ब्रम्हांड नायक सदगुरू श्री शंकर महाराज की जय” या जयघोषात आणि महाराजांनी सांगितलेल्या प्रक्रीयेनुसार महाराजांचे पार्थिव समाधीस्त करण्यात आले.

अशाप्रकारे कार्तिक शुद्ध अष्टमीला प्रकट झालेली पार्थिवाच्या पणतीमधील चैतन्याची ज्योत वैशाख शुद्ध अष्टमीला चैतन्यस्वरुपात विलीन झाली. चराचरात सामावली.

“आत्मकलेपैकी एक कला, जनकल्याणासाठी समाधी स्थानात सदैव राहील.
“माउलीचा आशिर्वाद ‘जो जो वांछील, तो ते लाहो – प्राणिजात.’

सदगुरू श्री शंकर महाराजांना खऱ्या अर्थानं फार कमी लोकांनी ओळखले. ज्यांनी त्यांचे अंतरंग जाणले ते त्यांचे अंतरंग शिष्य झाले. ज्यांनी त्यांना वरवर पहिले ते त्यांचे निंदक झाले. कुणी त्यांना ‘शाक्त’ म्हणत तर कुणी त्यांना साक्षात ‘शंकर’ म्हणत. कुणी त्यांना अवधूत अवलिया मानत तर कुणी त्यांना ठार वेडा मानत. कुणी ‘सिद्ध’ समजत तर कुणी ‘भ्रमिष्ट’ समजत. कुणी ‘व्यसनी’ समजून हेटाळणी करी तर कुणी ‘ज्ञानी’ समजून पाय धरी. पण वास्तवात श्री शंकरमहाराज द्वैताच्या पलीकडले होते. ज्या भक्तांनी आपला ‘ आत्मरूप शंकर ‘ जाणला त्यानांच हा ‘ परमात्मा शंकर ’ कळला.